Налоговым кодексом РФ не предусмотрена зависимость системы налогообложения от организационно-правовой формы налогоплательщика. В общем случае некоммерческие организации платят те же налоги и сборы, что и коммерческие организации. 

Действующее налоговое законодательство не содержит специальных положений, регулирующих порядок определения доходов и расходов для некоммерческих организаций при применении УСН. 

Автономная некоммерческая организация является одной из форм некоммерческих организаций. Это не имеющая членства некоммерческая организация, созданная в целях предоставления услуг в сфере образования, здравоохранения, культуры, науки и проч. (ст. 10 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях"). 

Налоговым кодексом РФ не предусмотрена зависимость системы налогообложения от организационно-правовой формы налогоплательщика. В общем случае некоммерческие организации платят те же налоги и сборы, что и коммерческие организации. 

Отметим, что действующее налоговое законодательство не предусматривает единой системы налоговых льгот для некоммерческих организаций. Согласно пп. 3 п. 1 ст. 21 НК РФ налогоплательщики имеют право использовать налоговые льготы при наличии оснований и в порядке, установленном законодательством о налогах и сборах. При этом данное право закреплено за всеми категориями налогоплательщиков в одинаковой мере. 

Некоммерческая организация вправе применять упрощенную систему налогообложения (далее - УСН) при соблюдении условий, установленных в главе 26.2 НК РФ. 

В случае, если объектом налогообложения по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН (далее - Налог), являются доходы, уменьшенные на величину расходов, налоговой базой признается денежное выражение доходов, уменьшенных на величину расходов (п.п. 1, 2 ст. 346.18 НК РФ). 

Действующее налоговое законодательство не содержит специальных положений, регулирующих порядок определения доходов и расходов для некоммерческих организаций. 

Некоммерческие организации при определении Налога учитывают доходы от реализации и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 249 и ст. 250 НК РФ, за исключением доходов, предусмотренных ст. 251 НК РФ (п. 1 ст. 346.15 НК РФ). Перечень расходов, которые могут быть учтены при формировании налоговой базы по Налогу, приведен в п. 1 ст. 346.16 НК РФ. Указанный перечень расходов носит закрытый характер.