Особенности исчисления налога на прибыль бюджетными учреждениями обусловлены их правовым статусом. Как российские организации эти учреждения являются плательщиками налога на прибыль (п. 2 ст. 11, п. 1 ст. 246 НК РФ; п. 1 ст. 123.21, п. 1 ст. 123.22 ГК РФ; п. 2 ст. 9.1 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях", письмо Минфина России от 29.04.2019 N 03-03-06/3/34284). 

Глава 25 НК РФ не содержит специальных статей, устанавливающих порядок исчисления и уплаты налога на прибыль бюджетными учреждениями (некоммерческими организациями). В то же время согласно требованиям налогового законодательств в таких организациях есть особенности: 

- признание доходов в целях налогообложения прибыли; 

- признание расходов в целях налогообложения прибыли. 

В целях налогообложения прибыли федеральное бюджетное учреждение признает доходы от платной деятельности и вправе уменьшить налоговую базу на документально подтвержденные, экономически обоснованные расходы, связанные с приносящей доход деятельностью. 

Налоговую декларацию согласно положениям ст. 289 НК РФ организации бюджетной сферы должны представлять в налоговые органы по месту своего нахождения и месту нахождения каждого обособленного подразделения, либо ответственного подразделения, независимо от наличия у них обязанности по уплате налога и (или) авансовых платежей по налогу, особенностей исчисления и уплаты налога по истечении каждого отчетного и налогового периода. 

За непредставление налоговой декларации предусмотрена ответственность (ст. 119 НК РФ).