Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу: 

Термины "соглашение" и "договор" в целях применения Постановления N 541 являются синонимами, то есть под "договором" и "соглашением" понимается один и тот же документ, подписываемый сторонами, являющийся правовым основанием и содержащий условия предоставления субсидии. 

Требования к муниципальным правовым актам, регулирующим предоставление субсидий некоммерческим организациям, не являющимся государственными (муниципальными) учреждениями, утверждены постановлением Правительства РФ от 07.05.2017 N 541 (далее - Постановление N 541). 

В соответствии с пп. "д" пункта 4 Постановления N 541 условия и порядок заключения между главным распорядителем как получателем бюджетных средств и получателем субсидии соглашения (договора) о предоставлении субсидии из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации, а также дополнительного соглашения о расторжении соглашения (при необходимости) в соответствии с типовой формой, установленной соответственно Министерством финансов Российской Федерации, финансовым органом субъекта Российской Федерации, финансовым органом муниципального образования, в том числе с учетом особенностей, установленных п. 8 Постановления N 541. 

Нормативный документ публично-правового образования дублирует положения Постановления N 541, в нем также указано, что между получателем бюджетных средств и получателем субсидии заключается "соглашение (договор)". 

Бюджетным законодательством РФ не установлены особенности применения терминов "договор" и соглашение" - эти понятия используется в БК РФ в том значении, в котором указанные понятия установлены в ГК РФ. При этом согласно п. 1 ст. 420 ГК РФ договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей. 

Поскольку термины "соглашение" и "договор" в целях применения Постановления N 541 являются синонимами, иными словами, сущность этих понятий одинакова, полагаем, что нет необходимости оформлять отношения между сторонами двумя идентичными документами. 

Кроме того, Постановление N 541 утратило силу с 03.10.2020. В настоящее время требования к нормативным актам установлены Постановлением Правительства РФ от 18.09.2020 N 1492, в котором также присутствует формулировка "соглашение (договор)". Соответственно, и в дальнейшем между учреждением и получателем субсидии может заключаться один документ, соглашение или договор.