Согласно п. 1 ст. 671 ГК РФ по договору найма жилого помещения одна сторона - собственник жилого помещения или управомоченное им лицо (наймодатель) - обязуется предоставить другой стороне (нанимателю) жилое помещение за плату во владение и пользование для проживания в нем. 

В силу п. 1 ст. 673 ГК РФ объектом договора найма жилого помещения может быть изолированное жилое помещение, пригодное для постоянного проживания (квартира, жилой дом, часть квартиры или жилого дома). При этом наниматель жилого помещения в многоквартирном доме наряду с пользованием жилым помещением имеет право пользоваться имуществом, указанным в ст. 290 ГК РФ. 

К сожалению, из вопроса не усматривается статус жилого помещения (квартиры), а именно относится ли оно к частному или специализированному жилому фонду, является ли заключение договора найма квартиры с сотрудником предоставлением ему служебного жилого помещения. 

Поэтому дополнительно отметим, что в силу ч. 1 ст. 100 ЖК РФ по договору найма специализированного жилого помещения одна сторона - собственник специализированного жилого помещения (действующий от его имени уполномоченный орган государственной власти или уполномоченный орган местного самоуправления) или уполномоченное им лицо (наймодатель) обязуется передать другой стороне - гражданину (нанимателю) данное жилое помещение за плату во владение и пользование для временного проживания в нем. Предоставление служебных жилых помещений регламентировано ст. 104 ЖК РФ. 

Анализируя изложенные выше правовые нормы, можно сделать вывод о том, что и по договору найма жилого помещения из частного жилого фонда, и по договору найма служебного жилого помещения на стороне наймодателя может выступать не только сам собственник, но и уполномоченное им лицо. 

Следует обратить внимание, что согласно п. 3 ст. 298 ГК РФ бюджетное учреждение без согласия собственника не вправе распоряжаться особо ценным движимым имуществом, закрепленным за ним собственником или приобретенным бюджетным учреждением за счет средств, выделенных ему собственником на приобретение такого имущества, а также недвижимым имуществом. Аналогичные положения содержатся и в п. 10 ст. 9.2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях". 

Соответственно, для передачи жилого помещения по договору найма бюджетному учреждению необходимо предварительно получить согласие собственника имущества, переданного учреждению в оперативное управление.