Статьей 3 Федерального закона от 08.06.2020 N 172-ФЗ предоставляется льгота в виде нулевых тарифов по страховым взносам. Статья 2 Федерального закона от 08.06.2020 N 172-ФЗ содержит перечень тех, кто имеет право на эту льготу, в числе которых социально ориентированные некоммерческие организации (далее - НКО), включенные в реестр Минэкономразвития. НКО является социально ориентированной, получает финансирование из нескольких источников, в том числе и федеральные гранты, указанные в законе. 
Льгота в виде нулевых тарифов по страховым взносам применяется в отношении всех вознаграждений и иных выплат физическим лицам или только в отношении выплат за счет упомянутых в законе грантов? 

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу: 

Социально ориентированные НКО могут применять нулевые тарифы страховых взносов в отношении всех выплат и иных вознаграждений в пользу физических лиц, начисленных за апрель, май, июнь 2020 года, независимо от источников этих выплат.

Обоснование вывода: 

Статьей 3 Федерального закона от 08.06.2020 N 172-ФЗ (далее - Закон N 172-ФЗ) установлено, что для указанных в статье 2 Закона N 172-ФЗ организаций и индивидуальных предпринимателей - плательщиков страховых взносов, производящих выплаты и иные вознаграждения физическим лицам, в отношении выплат и иных вознаграждений в пользу физических лиц, начисленных за апрель, май, июнь 2020 года, в пределах установленной предельной величины базы для исчисления страховых взносов по соответствующему виду страхования и свыше установленной предельной величины базы для исчисления страховых взносов по соответствующему виду страхования применяются следующие пониженные тарифы страховых взносов: 
1) на обязательное пенсионное страхование (далее - ОПС) - в размере 0,0 процента; 
2) на обязательное социальное страхование на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством (ОСС по ВНиМ) - в размере 0,0 процента; 
3) на обязательное медицинское страхование (далее - ОМС) - в размере 0,0 процента. 
В статье 2 Закона N 172-ФЗ указаны, в частности: 
- организации, включенные в реестр социально ориентированных некоммерческих организаций (далее - НКО), которые с 2017 года являются получателями грантов Президента РФ (по результатам конкурсов, проведенных Фондом - оператором президентских грантов по развитию гражданского общества), получателями субсидий и грантов в рамках программ, реализуемых федеральными органами исполнительной власти, получателями субсидий и грантов в рамках программ, реализуемых органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, исполнителями общественно полезных услуг, поставщиками социальных услуг, ведение которого осуществляется уполномоченным Правительством РФ федеральным органом исполнительной власти в порядке, установленном Правительством РФ; 
- централизованные религиозные организации (ЦРО), религиозные организации, входящие в структуру ЦРО, социально ориентированные НКО, учредителями которых являются ЦРО или религиозные организации, входящие в их структуру; 
- иные НКО, включенные в Реестр НКО, в наибольшей степени пострадавших в условиях ухудшения ситуации в результате распространения новой коронавирусной инфекции (смотрите также письмо ФНС России от 09.06.2020 N БС-4-11/9528@, информацию ФНС России от 11.06.2020). 
На наш взгляд, из данных норм Закона N 172-ФЗ не следует, что пониженные тарифы страховых взносов в размере 0% на ОПС, ОСС по ВНиМ, ОМС применяются социально ориентированными НКО только в отношении выплат физическим лицам, осуществленным за счет упомянутых в Законе N 172-ФЗ грантов и (или) субсидий. По нашему мнению, указанные НКО могут применять нулевые тарифы страховых взносов в отношении всех выплат и иных вознаграждений в пользу физических лиц, начисленных за апрель, май, июнь 2020 года, независимо от источников этих выплат. 
К сожалению, официальными комментариями по данному вопросу мы не располагаем. В ответе выражено наше экспертное мнение. Напомним, организация вправе письменно обратиться в налоговый орган по месту учета или в Минфин России с официальным запросом. Такое право предоставлено плательщикам страховых взносов в силу пп.пп. 1 и 2 п. 1, п. 3 ст. 21 НК РФ. 

Ответ подготовил: 
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ 
аудитор, член Российского Союза аудиторов Федорова Лилия