Использование бюджетными учреждениями при расчетах по заключенным ими контрактам не запрещено законодательством. Однако ограничение возможности открытия ими счетов в кредитных организациях фактически ограничивают возможность использования аккредитива отдельными, практически уникальными случаями.

По общему правилу платежи бюджетных учреждений осуществляются через лицевые счета, открытые учреждениям в Федеральном казначействе, финансовых органах субъектов РФ или муниципальных образований (п. 8 ст. 9.2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях", далее - Закон N 7-ФЗ). Бюджетные учреждения не вправе открывать расчетные и иные счета, размещать средства на депозитах в кредитных организациях, если иное не предусмотрено действующим законодательством (п. 14 ст. 9.2 Закона N 7-ФЗ). Данный запрет распространяется и на открытие счетов для осуществления расчетов по аккредитивам (смотрите письмо Минфина России от 27.12.2013 N 02-03-010/58045) и установлен для всех случаев расчетов, без оговорок о том, в соответствии с каким законом заключается бюджетным учреждением контракт или договор. 

Действующим законодательством предусмотрен ограниченный ряд исключений, предполагающих наличие у учреждения госсектора счетов в кредитных организациях, которые, однако, не предполагают использования аккредитива (смотрите раздел "Счета бюджетных и автономных учреждений в кредитных организациях" в материале Энциклопедия решений. Счета организаций госсектора). В частности, к числу исключений относится ситуация, когда учреждение является головным исполнителем (исполнителем) в рамках контрактов по гособоронзаказу и осуществляет расчеты по этим контрактам с использованием отдельных счетов, открытых в уполномоченных банках (Федеральный закон от 29.12.2012 N 275-ФЗ "О государственном оборонном заказе", далее - Закон N 275-ФЗ, письма Минфина России от 11.03.2016 N 02-01-11/13675, от 27.10.2015 N 02-02-04/61547), однако порядок использования указанных отдельных счетов, установленный ст.ст. 8.3-8.6 Федерального закона от 29.12.2012 N 275-ФЗ "О государственном оборонном заказе", исключает возможность открытия аккредитива, являясь в некотором роде его альтернативой. 

Также заметим, что в ряде случаев контракты, заключаемые бюджетным учреждением, подлежат банковскому сопровождению (подробнее об этом смотрите в материале Энциклопедия решений. Банковское сопровождение контракта по Закону N 44-ФЗ), а в случаях, предусмотренных ч. 2-6, 10 ст. 5 Федерального закона от 02.12.2019 N 380-ФЗ "О федеральном бюджете на 2020 год и на плановый период 2021 и 2022 годов" и принятых на основании п. 10 ч. 2 ст. 5 указанного Закона подзаконными актами, - казначейскому сопровождению. В обоих случаях применение аккредитива также исключается специальными требованиями, которые по сути устанавливают системы расчетов, также являющиеся некой альтернативой расчетам по аккредитивам. 

Таким образом, фактическая возможность использования бюджетными учреждениями при расчетах аккредитива ограничена отдельными, практически уникальными случаями.