Если университет не осуществлял вложений (в виде денежных средств, иного имущества) в некоммерческую организацию, то предмета для отражения на счетах бухгалтерского учета не возникает. Информация об учрежденных НКО в этом случае будет представлена на уровне учредительных документов, локальных актов университета. При наличии факта передачи денежных средств и имущества в качестве вложений в НКО учет следует осуществлять в порядке, предусмотренном Инструкциями NN 157н, 174н. 

Бюджетные учреждения в интересах достижения целей, предусмотренных уставом, вправе выступать учредителем (участником) некоммерческих организаций и в случаях, установленных законодательством, хозяйственных обществ, хозяйственных партнерств (п. 6 ст. 66 ГК РФ, п. 2, п. 4 ст. 24 Закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ). Бюджетное учреждение с согласия собственника вправе передавать таким организациям в качестве их учредителя (участника) денежные средства (если иное не установлено условиями предоставления денежных средств) и иное имущество, за исключением особо ценного движимого имущества, закрепленного за ним собственником или приобретенного бюджетным учреждением за счет денежных средств, выделенных ему собственником на приобретение такого имущества, а также недвижимого имущества.
При этом когда речь идет об НКО, следует говорить об иных формах участия в капитале, поскольку источником финансирования деятельности НКО является целевое финансирование, отражаемое в одноименном разделе бухгалтерского баланса (примечание 6 к бухгалтерскому балансу, форма которого утверждена приказом Министерства финансов Российской Федерации от 2 июля 2010 г. N 66н (приложение N 1)). 

В рассматриваемом вопросе бюджетное учреждение является учредителем ряда некоммерческих организаций. При образовании некоторых из них университет осуществлял оплату членских взносов. В остальных случаях передачи вложений в учреждаемую организацию не было. 

Если фактическая передача денежных средств и имущества при образовании НКО осуществлялась, то учитывать такие финансовые вложения следует по первоначальной стоимости в сумме фактических вложений учреждения на счете 2 215 34 000 "Вложения в иные формы участия в капитале" (п.п. 193, 244 Инструкции N 157н, п. 117 Инструкции N 174н). Учет вложений по сформированной стоимости осуществляется на счете 2 204 34 000 "Иные формы участия в капитале" (п. 194 Инструкции N 157н, п. 88 Инструкции N 174н).

Если факта передачи имущества, денежных средств в качестве вложений в НКО не было, то основания для отражения на счетах бухгалтерского учета факта участия университета в качестве учредителя некоммерческих организаций отсутствуют. Информация об учрежденных некоммерческих организациях в таком случае может быть представлена в учредительных документах, локальных актах учреждения, иной документации без отражения в бухгалтерском учете.